De geschiedenis van Noordwijkerhout gaat evenals die van andere plaatsen in deze omgeving terug tot in de grijze oudheid. Uit gevonden gebruiksvoorwerpen van het afgezande gebied tussen de Ruigenhoek en de psychiatrische inrichting “Sancta Maria” (thans Rijngeestgroep, locatie Noordwijk) blijkt, dat de eerste bewoners van ver voor onze jaartelling verbleven op het smalle gebied tussen de Noordzee en het moerassige binnenland, het Langeveld, dat thans ook als het Langeveld bekend staat.
Toen de Romeinen in ons land kwamen, werd deze streek, zoals blijkt uit geschriften van Julius Caesar en Tacitus, bevolkt door een Germaanse stam, die zij Caninefaten noemden. (Deze naam wordt nu nog gebruikt door de Kaninefaaten, een van de vier carnavalsverenigingen die het dorp telt).
Het landschap rond de gemeente is opgebouwd uit een drietal evenwijdig langs de kust liggende strandwallen. Deze strandwallen zijn overblijfselen van de oude duinen die na de ijstijden ontstonden. Op de eerste strandwal, die ruim 4500 jaar geleden ontstond, zijn later Voorburg, Voorschoten, Lisse en Hillegom ontstaan. Noordwijkerhout is gelegen op de jongste, meest westelijke strandwal.
Op 4 augustus 889 ontving graaf Gerolf een giftbrief van de koning van Lotharingen, dat hij werd beleend met de ambachtsheerlijkheid Northgo, d.i. “gouw ten noorden” van den Rijn. Vandaar ging een weg naar den grooten Hout. De Northgoweg is thans nog bekend als Gooweg. Later ontstond bij het jachthuis het dorp Noortigerhout. In de stukken komen ook de benamingen Noirtigerhout en Nortekerhout voor. Na de dood van graaf Gerolf werd zijn zoon Dirk I de nieuwe eigenaar. In 1231 vond er een goederenverdeling plaats tussen Wilhelmus en Gerardus fratres de Northeke. De ene zoon kreeg Nortich, het huidige Noordwijk, en de andere Nortich in den Houte, Noordwijkerhout. Het zogenoemde ambacht Noordwijkerhout bleef tot ca. 1356 (of tot ca. 1370) in bezit van het geslacht van Northeke, waarna het uiteindelijk verkocht werd aan de van Duvenvoirde´s. Deze hebben het tot 1558 in leen gehouden, waarna het weer aan de grafelijkheid verviel.
Volgens een verdrag uit 1434 is Noordwijkerhout met Hillegom, Lisse en Voorhout een zelfstandig baljuwschap geworden. In 1722 werd het door de Staten van Holland en West-Friesland voor ƒ 6.600 aan Simon Emtinck verkocht “zonder recht van Hooge Heerlijkheid”. Volgens een kroniek werd Noordwijkerhout, waartoe ook De Zilk behoorde, beschouwd als de hoofdplaats van het baljuwschap, omdat daar de criminele misdadigers werden berecht. Uit archiefstukken blijkt, dat Hillegom, Lisse en Voorhout na 1588 als onderdorpen van Noordwijkerhout werden beschouwd. In 1753 kwam het in bezit van Emtincks broer Guillia, in 1757 aan hun neef Jan de Backer en in 1767 aan zijn zus Edvardina Brigitta de Backer, echtgenote van Francois Hendrik van Hoorn.
In een verslag van een verhoor van enkele ingezetenen uit 1514 blijkt, dat het dorp ongeveer 50 huizen telde en dat er 10 jaar ervoor wel 12 of 13 huizen meer waren, die alle afgebroken of vergaan zijn. In 1632 stonden er 64 huizen in Noordwijkerhout en in 1732 een korenmolen en 124 huizen. In 1795 telden men 617 inwoners.
De regering van de ambtsheerlijkheid Noordwijkerhout bestond in de zeventiende en de achttiende eeuw uit: ambtsheer, schout, burgemeesters of gezworenen, schepenen, kerkmeesters en armmeesters. Ook waren er ambachtsbewaarders en kroosheemraden, maar dit waren geen ambtenaren van de ambachtsheerlijkheid.
Het college van schout en burgemeesters bestond uit een schout en 4 burgemeesters, waarvan er jaarlijks twee werden vervangen door nieuwe. Een van de burgemeesters was meestal een inwoner uit De Zilk. De taak van dit college bestond uit de uitoefening van het regerings- en politiegezag, uit het jaarlijks omslaan van de schotponden over de ingezetenen en uit de verantwoording van deze omslag en van de daaruit bestreden uitgaven in de jaarlijkse dorpsrekening.
In de Frankische tijd werd de streek gekerstend. Een bekende geloofsverkondiger was Sint Jeroen, een Ierse monnik, die omstreeks 857 door de Noormannen werd vermoord.
Noordwijkerhout behoorde aanvankelijk kerkelijk tot Noordwijk. In de veertiende eeuw kwam hierin verandering. Omstreeks 1300 bouwde men in Noordwijkerhout een parochiekerk, die werd toegewijd aan de H.H. Petrus en Paulus. Deze kerk, waarvan het huidige “Witte Kerkje” een restant is, is een keer afgebrand en herbouwd. De abdij Leeuwenhorst had in het begin geen kerk. In 1287 kreeg de abdij een middenkoor en in 1350 een kapel ter ere van St. Michaël.
In de veertiende eeuw werd een “Capelle in het Langeveld” gesticht en toegewijd aan Maria ter zee. Dit bedehuis zou volgens een legende zijn ontstaan te danken hebben aan het feit, dat een edelman die schipbreuk leed de gelofte deed een kapel te zullen bouwen wanneer hij werd gered. De kapel is na de kerkhervorming enige tijd als protestants kerkgebouw in gebruik geweest. Bekend is, dat er in 1814 nog een dienst gehouden is. In het midden van de negentiende eeuw is de kapel gesloopt. De grond werd verkocht aan de graaf Van Limburg Stirum, die er bos van heeft gemaakt.